En Adventure Island II asumes el papel del Maestro Higgins, que tiene que salvar a su chica de la cueva de los extraterrestres que también quieren dominar la Tierra. Los elementos básicos del juego son los mismos que en Adventure Island: el Maestro Higgins recorre los niveles mientras lucha contra enemigos. Un golpe tiene como resultado la muerte a menos que lleve algun extra, por ejemplo armas o un monopatín que mejora su velocidad. También necesita recolectar comida para llenar su barra de hambre que disminuye constantemente.
Un gran añadido son los dinosaurios que sirven como montura y ofrecen diferentes habilidades, como Volar o disparar bolas de fuego. Al igual que todos los power-ups, estos no tienen que usarse al instante, ya que se pueden guardar para más adelante. Antes de cada nivel, el jugador elige los power-ups que quiere llevar consigo durante los ocho mundos con diferentes temas que están representados por un mapa general.