Magnetic Soccer se basa en el juego de futbolín: cada equipo tiene ocho jugadores que se dividen en cuatro filas (1-2-3-2). Esas filas se pueden mover a la izquierda y a la derecha (en contraste con el juego real, todas las filas se mueven a la vez) y se pueden girar para golpear la pelota. Los jugadores también pueden detener el balón y realizar poderosos tiros que incapacitan a los jugadores enemigos (excepto el portero) cuando son golpeados. El objetivo es marcar más goles que el oponente; un empate da como resultado el lanzamiento de pentaltys.
El juego presenta varias opciones de juego que incluyen tres superficies diferentes, multijugador, un modo de entrenamiento sin un equipo rival, un modo espectador para los partidos de IA y tres niveles de dificultad.