El juego presenta Egipto y Roma como escenarios, un nuevo estilo gráfico y muchos enemigos y armas que vuelven desde The First Encounter y The Second Encounter. El juego introduce muchos enemigos y armas nuevos y exclusivos. La historia gira en torno a que Sam retrocede en el tiempo de nuevo cuando un grupo de personas que estudian antiguas civilizaciones del pasado de la Tierra se encuentra con nuevas fuerzas del ejército híbrido de Mental. Sam tiene que volver a Egipto primero, y luego seguir hasta Roma, luchando contra hordas de enemigos en su camino. Los jefes del juego (cada uno de ellos se encuentra al final de dos escenarios) son dos comandantes de aspecto similar a los licántropos: Sirian Sphinx (Egipto) y Wolfiator (Roma). Con la derrota de este último, Sam Stone, de nuevo victorioso, vuelve por fin a su tiempo.
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