El seguimiento de Ecco the Dolphin, en el que Ecco destruyó con éxito el Vortex. Desafortunadamente, resulta que la Reina Vortex lo siguió hasta la Tierra y finalmente destruyó la Asterita. Todos los océanos del mundo están amenazados, y en realidad ya están condenados.
Para restaurar el Asterite y finalmente vencer a la Vortex Queen, Ecco tendrá que enfrentarse una vez más a las mareas del tiempo, que se han dividido en dos posibles futuros, el regular y el oscuro dominado por la Vortex Queen.
Ecco: The Tides of Time presenta gráficos aún mejores que su predecesor, e introduce un nuevo modo de juego en el que la cámara sigue al delfín desde atrás en lugar de desde el lateral.