Ubicado en el planeta Mobius, el Dr. Robotnik ha urdido un nuevo plan para amenazar al mundo y sus habitantes: al secuestrar a los ciudadanos de Beanville y convertirlos en deshonestos esclavos robot, el doctor creará un ejército que lo ayudará a librar al planeta de la música. y diversión para siempre, Con este fin, ha creado una máquina robótica gigante llamada "Mean Bean-Steaming Machine" para usar en los bean folk. Poniendo en marcha su plan, Robotnik envía sus henchbots para reunir a todos los desafortunados beans y agruparlos en mazmorras oscuras para que puedan ser enviados a la máquina Mean Bean-Steaming. Asumiendo el papel de Has Bean, el jugador debe enfrentarse a los secuaces de Robotnik al irrumpir en las mazmorras, liberar a los bean folk antes de que sea demasiado tarde, y derrotar los henchbots de Robotnik para asi frustrar sus malvados planes de una vez por todas.