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A diferencia del primer juego de la serie, que era un juego basado en misiones, y la segunda, donde el único personaje tiene habilidades como la observación de todo el nivel y la cada vez mayor a la altura ilimitada, "James Pond 3" es el típico juego de plataformas. Pond puede correr muy rápidamente (manteniendo pulsado el botón A) a través de los niveles, que a menudo contiene empinadas laderas de las montañas y zonas difíciles. Una vez más, tiene que oponerse al malvado científico Maybe y sus subordinados.