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Thunder Force II es tanto un juego de desplazamiento lateral como un shooter de arriba hacia abajo. En el juego controlas una nave. El sistema de armas es bastante básico. Puede pasar de disparar un arma más poderosa al frente o dos armas menos poderosas para disparar hacia adelante y hacia atrás simultáneamente. Hay varios potenciadores que mejoran tu potencia de fuego. En los niveles superiores, solo puedes viajar en direcciones cardinales y no puedes maniobrar fácilmente alrededor de obstáculos o ralentizar. El control en los niveles de desplazamiento lateral es una reminiscencia de R-Type o Gradius, pero con sistemas de armas más básicos. En futuras encarnaciones de la serie, el aspecto de arriba hacia abajo sería abandonado.